จากการประชุมเครือข่ายนักวิจัยด้านอาหารและการทำงานร่วมกับสำนักงานการวิจัยแห่งชาติ ที่ประชุมอธิการบดีแห่งประเทศไทยและคณะทำงานจึงได้กำหนดกรอบการดำเนินงานของศูนย์โดยมุ่งเน้นเรื่องอาหารฟังก์ชันและได้สำรวจและวิเคราะห์ข้อมูลนักวิจัยจากแหล่งต่างๆ เพื่อจัดทำเป็นฐานข้อมูลนักวิจัยของศูนย์ฯ ก่อนคัดเลือกและทาบทามนักวิจัยที่เป็นผู้ทรงคุณวุฒิในเรื่องต่างๆ มาร่วมกันจัดตั้งกลุ่มย่อย โดยสามารถแบ่งออกได้เป็น 5 กลุ่มย่อยประกอบไปด้วย 
1. กลุ่ม Food Ingredient และ Raw Materials
2. กลุ่ม Food Processing
3. กลุ่ม Food Product Development
4. กลุ่ม Clinical Test และ
5. กลุ่ม Food Safety and Regulation
เพื่อให้เกิดการการรวมกลุ่มผู้เชี่ยวชาญด้านอาหารฟังก์ชันและการขับเคลื่อนเชิงนโยบาย ทปอ. จึงได้พัฒนาข้อเสนอโครงการขึ้นโดยมีกรอบการดำเนินการ ซึ่งประกอบด้วยโครงการย่อยดังต่อไปนี